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1 Khi3
Calculadora com multi-funções que conta com tabela periódica, estrutura cristalina, dentre muitas outras funções como um simulador do Sistema Solar.
2 Virtual Lab
O software apresenta imagens capturadas com supermicroscópios de laboratório. É evidente que o software oferece apenas as imagens disponibilizadas em seu banco de dados online, mas esse banco é amplo e está em expansão constante.
3 3-D Angles
O software consegue transformar o estudo de uma matéria nada agradável em um jogo. Ele se divide em blocos de 10 perguntas consecutivas, cada uma exibe uma molécula tridimensional animada e coloca uma questão sobre cada. O sistema de resposta é de múltipla escolha com quatro alternativas e indica se a escolha foi bem sucedida ou não.
4 Periodic Table Explorer
Periodic Table Explorer é uma verdadeira inovação no que diz respeito ao ensino de química através da famosa tabela periódica. O programa conta com toda e qualquer informação acerca dos elementos químicos em seus mais importantes aspectos. O único problema do PTE é ser disponibilizado apenas em inglês.
5 Cidade do Átomo
Programa que simula uma cidade onde existe uma Usina Nuclear. Voltado para professores do ensino médio que lecionam o conteúdo de radioatividade.
6 QuipTabela 4.01
Instale o QuipTabela e prepare-se para aprender tudo sobre a Química. A tabela interativa apresenta o formato tradicional, com os elementos químicos distribuídos em metais, não-metais e gases nobres. Programa disponibilizado totalmente em português.
7 BK Chem
O software é bastante completo e oferece muitas opções para você. O usuário pode inserir elementos, editar suas letras e estabelecer a natureza de suas ligações. Enquanto alguns elementos estão ligados de maneira simples, podem existir outros com ligações múltiplas, com casos particulares e até mesmo vários modelos cíclicos. Nenhum desenho é fixo e todas as figuras e ligações podem ser movidas ou alongadas para destacar o que você deseja.
8 ACD/ChemSketch 11.0
O software, apesar de ser freeware, é uma ferramenta completa de desenho, não só molecular mas de inúmeras ilustrações para uma aula de química. 
Possui uma seção de "modelos", onde há dezenas de estruturas "prontas", vidraria de laboratório, modelos representacionais, e muito mais. 
Ao lado, alguns exemplos de estruturas orgânicas com as mais diversas formatações e um sistema de vidrarias montado com os modelos já inclusos no software. 
Além da representação no plano, que é usual para representarmos a reações orgânicas, existe a possibilidade de se mostrar a molécula na conformação 3D, evidenciando a repulsão entre os átomos e a sua estrutura no espaço. Além de apenas representar a estrutura em 3D, há a possibilidade também de se definir a distância entre as moléculas, bem como o ângulo entre as ligações. Sem falar nos recursos de nomenclatura da IUPAC, propriedades físicas, verificação de tautomeria, numeração de cadeia carbônica além de diversos outros recursos.
9 Educador.net
O Educador.net é um software gratuito desenvolvido especialmente para facilitar o trabalho do professor. Entre os seus principais recursos estão: banco de questões, relatórios e gráficos, diário eletrônico.
10 CurtiPot
Programa gratuito (freeware) para simulação e análise de Curvas de Titulação Potenciométrica, cálculos de pH e de equilíbrios ácido-base.